Secretaria de Gestión Interna
Integrada por las unidades de: Administración, Planificación y Presupuesto, Gestión Humana, Asesoría Jurídica, Informática y Gestión Comunicacional.
Coordinación de Educación Básica y Calidad Educativa
Unidad que articula, planifica y acompaña todos los niveles y modalidades del Subsistema de Educación Básica.
Coordinación de Acompañamiento y Evaluación del Sistema Educativo
Supervisa la labor de los centros educativos públicos y privados a través del acompañamiento realizado por los directores.
Coordinación de Comunidades Educativas y Proyectos Productivos
Promueve y fortalece la organización de la comunidad educativa y fomenta el desarrollo de la educación intercultural.
Coordinación de Desarrollo y Protección Estudiantil
Garantiza la atención, prevención y promoción en materia de protección de los derechos de los niños y adolescentes.